细菌内毒素属于制药用水系统中另外一个最重要的关键质量参数。细菌内毒素是革兰阴性菌细胞壁上的一种脂多糖和微量蛋白的复合物，它的特殊性不是细菌或细菌的代谢产物，而是细菌死亡或解体后才释放出来的一种具有内毒素生物活性的物质。细菌内毒素的量可用内毒素单位(EU)表示，1EU与1个国际单位(IU)相当。对制药用水系统来说，革兰阴性菌危害最大，因为它很易形成非均匀浓度的生物膜并由此成为细菌内毒素的污染源。
　　细菌内毒素可溶于水，散装注射用水需采取措施除去细菌内毒素，细菌内毒素体积很小，多在1~5nm,可通过超滤、纳滤或反渗透装置进行过滤去除，活性炭对细菌内毒素有很好的吸附作用，可以去除原水中的大量细菌内毒素。细菌内毒素非常耐热，60℃下加热1h不受影响，100℃下也不会发生热解，180℃下3～4h、250℃下30～45min或650℃下lmin才可彻底破坏细菌内毒素。细菌内毒素能被强酸、强碱、强氧化剂、超声波等破坏，粒子交换树脂也能吸附细菌内毒素。细菌内毒素本身不挥发，但因具有水溶性，蒸馏时可随着水蒸气雾滴进入蒸馏水中。
　　制药用水系统中用到的热原处理方法主要包括灭活法与分离法两大类。灭活法主要包括干热灭菌法、酸处理、碱处理、氧化剂处理和烷化剂处理等，例如，可采用2%~5%左右的高温碱性清洗剂循环清洗去除制药用水系统中的生物膜与细菌内毒素。分离法主要包含活性炭吸附法、膜分离法和蒸馏法等。制备纯化水与注射用水时控制细菌内毒素的方法主要包括活性炭吸附、蒸馏、超滤和反渗透等工艺。
　　热原与细菌内毒素均有相应的检测方法。热原检查法是将一定剂量的供试品通过静脉注入家兔体内，在规定时间内观察家兔体温升高的情况，以判定供试品中所含热原的限度是否符合规定的一种方法，参见2020版《中国药典》“1142热原检查法”。细菌内毒素检查法是指利用鲎试剂来检测或量化由革兰阴性菌产生的细菌内毒素，以判断供试品中细菌内毒素的限量是否符合规定的一种方法。细菌内毒素检查法具有较家免热原检查法灵敏、快速、简便易行、重现性好、结果准确等优点，目前细菌内毒素检查法已广泛应用于制药用水。《中国药典》规定注射用水的细菌内毒素指标需低于0.25EU/mL,参见2020版《中国药典》“1143细菌内毒素检查法”。水系统中的细菌内毒素指标测试一般采用离线取样进行分析。
　　目前，欧洲药典委员会正在积极鼓励用户寻找家免热原检查法与细菌内毒素检查法的替代方案，推荐方案是新热原检测方法,并最终计划在大约5年内完全取代家免热原检查法。
　　以下表格是各药典的细菌内毒素限度

　　①1EU=1IU。

　　②用于商业用途的散装注射用水。